「Type-C端子」と「Thunderbolt 3端子」は、外見はまったく同じですが、扱える信号の種類や転送速度が異なります。かなりややこしいので、順を追って説明してみましょう。

まず、両者は共通の端子形状を持ちます。信号線／ピン数にも違いはないため、物理的な形状はType-C端子イコールThunderbolt 3端子と考えていいでしょう。

一方、扱える信号の種類には差があります。Type-C端子の規格には、別規格の信号を流せる「オルタネート・モード」が用意されており、Thunderbolt 3端子はこれを利用しているのです。Thunderbolt 3端子はUSB機器と接続（データ転送）できますから、基本的にはType-C端子の一種であり、 “Thunderbolt 3の信号も流せるType-C端子” という位置付けです。

ただし、Thunderbolt 3端子は必ずUSB 3.1 Gen2に対応しています。Type-C端子はUSB 2.0にしか対応しないものがありますが（Type-C端子はあくまでコネクタ形状／ピン配置の規格でデータ転送は定義しない）、Thunderbolt 3端子はUSB 3.1 Gen2で統一されています。DisplayPortとThunderbolt 3のデータ転送をサポートすることも、必須要件です。

なお、データ転送の最高速度はUSB 3.1 Gen2が10Gbps、Thunderbolt 3が40Gbpsです。映像出力も4K×1が上限のUSB 3.1 Gen2に対し、Thunderbolt 3では5K×1、または4K×2が可能です。実質的には「Thunderbolt 3はUSB 3.1 Gen2の上位互換品」として使えますから（アクティブ方式のケーブルを除く）、ケーブル選びで迷った場合はThunderbolt 3対応が明記された製品を選べば確実です。